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土壤微生态取样方法

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本周我们连续分享了土壤微生态研究  前沿  思路,今天继续承接这一主题,给大家提供一些土壤微生态研究中常规取样过程中,土壤样本的采集和处理、取样量和备份样、运输与保存以及提取方法。


1土壤样本的采集和处理、取样量和备份样



示例:Zhou J, Deng Y, Shen L, et al. Temperature mediates continental-scale diversity of microbes in forest soils[J]. Nature communications, 2016, 7.


图注:6 sites → 21 nested samples per site → 9 soil cores per sample


关于取样量:适量取样,100 g不难吧?


关于备份样:鄙人认为需要至少5个重复备份样,不信且看我娓娓道来。

  • 土壤性质测试

  • 样本寄送过程中出现问题,抽提不成功

  • 做个多样性,结果不错

  • 再做个宏基因组,编辑说需要验证一下

  • 再做一个做个宏蛋白或者宏代谢组

oO啦,(*╹▽╹*)!


2土壤样本的运输和保存


样本的运输包括:①取样后运送到实验室;②处理好的样本寄送至测序公司。

土壤微生态的研究者相较于其他(如人体、动物之类)方向的研究者更易遭遇第①种情况,那么我们该如何解决这个问题呢?

  • 带个液氮罐,太危险

  • 带个冰箱,哪来的电

  • 太烦了,不做了,呵呵哒,肯定是不可能的


其实解决的方法非常简单,也有参考文献可寻。通常我们只需要简单备一个冰盒就OK啦!

采集的土壤样本至于无菌的自封袋或者EP管中,然后包埋于冰中即可。

那冰选择有两种:①土豪款:干冰;②平民款:普通冰块。注意事项:冰量一定要足够支撑运送至实验室。

盒子的选择也有两种:①土豪款:特制塑料盒;②平民款:普通泡沫盒;或者还有第③款,欢迎留言注意事项:盒子一定要密闭遮光。


处理好的样本寄送至测序公司四字真言干冰寄送

注意事项:①样本使用抗“揍”(毕竟快递小哥太暴力了)的材料装配;②有钱的时候买个Parafilm(不是我要打广告,是我只见过这个牌子的)的封口膜缠住封口;③干冰量要足。


样本的保存八字真言:液氮速冻,-80℃保存。然而有些研究者很纠结,纠结啥呢?

  • 没有-80冰箱,-70行不行,-20行不行

  • 放液氮罐里行不行


完全没有问题,你开心就好!

如果实在担心可以看看下面这2篇文章:

  • 何方妖孽会影响宝宝的粪便菌群?

  • 室温保存对样本微生物群落的影响有多大?

科研文献告诉你同样处理、同一批的样本室温放置24小时对比较研究的样本影响并不大,当然宝宝们在正常的科研工作中对待自己的样本千万不要这么干哟!


3土壤微生物DNA抽提方法


DNA抽提方法无外乎两种:

①人工抽提;②机器抽提。

①试剂盒抽提;②手工自配试剂抽提。

①自己抽提;②测序公司抽提。


你以为今天的分享到这里就完啦?

不!经过对数百篇文章的整理,其我们赫然发现:恩,试剂盒还是选下面的吧!


材料来源:美吉生物微生态产品开发部

编辑:折耳狗


结语:在此感谢梅花小猪老板赠送的一个大洋,社会了我的佩奇哥!


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